La chiesa è a due navate e dietro l' altare maggiore si può ammirare una tela del 1600 che rappresenta la Madonna di Loreto. Nella navata minore si trovano piccole nicchie con statue del '600 rappresentanti l'Assunta, l' Incoronazione della Vergine e Santa Rosa. Sempre nella navata minore è presente un altare dedicato a Sant' Anna, e vi sono conservate le reliquie di San Pio martire, prelevate dalle catacombe di Priscilla e donate a Pietrelcina dai feudatari Carafa nel 1801. A Pietrelcina è ed era già forte la devozione verso questo santo e per questo tale nome fu scelto da Francesco Forgione per la Sua vita religiosa.
Sulla sinistra, entrando in chiesa, si trova un affresco rappresentante il Battesimo di Cristo. È presente anche il fonte battesimale in pietra con ciborio in legno. È qui che il 26 maggio del 1887 Francesco venne battezzato da Don Nicolantonio Orlando. Qui Padre Pio fece la Prima Comunione e il 27 settembre del 1899, all' età di dodici anni, ricevette il sacramento della cresima dal segretario dell' arcivescovo di Benevento Mons. Donato Maria Dell' Olio.
Questa piccola chiesa fu testimone delle sue esperienze mistiche: le apparizioni di Maria e dell' Angelo Custode, i suoi momenti privati col Santissimo Sacramento, al quale aprì il suo cuore con le più intime confidenze e sperimentando espressioni d' amore. Nelle sue lettere possiamo leggere quanta tenerezza avesse nell' anima per Gesù: «I battiti del mio cuore sono così forti quando mi trovo davanti al Santo Tabernacolo che a volte sento che il cuore mi salta fuori dal petto. All’ altare a volte sento un tale lampo in tutto il corpo che non riesco a descriverlo, e soprattutto il mio viso sembra in fiamme”.