La Chiesa di Santa Maria degli Angeli, oggi Chiesa Madre di Pietrelcina, è situata nei pressi della Piazza Santissima Annunziata.
Qui è venerata la Madonna della Libera, che Padre Pio chiamava affettuosamente “La nostra piccola Madonnina”.
Qui fu ordinato diacono nel 1909 e amministrò il suo primo battesimo a un bambino che un giorno sarebbe diventato sacerdote redentorista.
Alla vigilia dell'Assunzione del 14 agosto 1910, quattro giorni dopo essere stato ordinato sacerdote, Padre Pio celebrò la sua prima Messa. Pochi giorni dopo scrisse a Padre Benedetto di San Marco in Lamis dicendo: «Per alcuni giorni sono stato un po' malato. Forse la causa principale di ciò fu la forte emozione a cui fu soggetto il mio spirito in quel periodo. Il mio cuore trabocca di gioia e mi sento molto più forte ora e sono in grado di affrontare qualunque afflizione mi venga inviata se questo dà piacere a Gesù”.
In questa chiesa Padre Pio trascorse interminabili momenti di preghiera e di intimità con Dio, di estasi ai piedi dell' altare sperimentando quel fenomeno mistico della fusione dei cuori, che descrisse nelle sue lettere: «Il cuore di Gesù e il mio mi permettono di usare questa espressione. Eravamo due cuori che battevano all' unisono. Il mio cuore è scomparso, come una goccia d’acqua che svanisce nel mare”. E ancora: «Mi sento ardere senza fuoco. Un milione di fiamme mi consumano. Mi sento come se stessi morendo continuamente anche se sono ancora vivo".
Padre Pio celebrò in questa chiesa Messe “troppo lunghe” e “incomprensibilmente misteriose” tanto che il Padre Guardiano incaricò il parroco di sottolineare questo aspetto al Frate affinché, essendo Egli soggetto al voto di santa obbedienza, si adeguasse prontamente.